Czas stosowania Bactroban zależy od postaci leku oraz rodzaju zakażenia. Maść na skórę zwykle stosuje się przez 7-10 dni, nakładając ją 2-3 razy dziennie na zmienione chorobowo miejsca. Maść do nosa stosuje się krócej – zazwyczaj przez 3-5 dni, aplikując niewielką ilość preparatu do każdego otworu nosowego 2-3 razy dziennie. Niezwykle ważne jest dokończenie pełnego cyklu leczenia wyznaczonego przez lekarza, nawet jeśli objawy ustąpią wcześniej. Przedwczesne przerwanie terapii antybiotykowej może prowadzić do nawrotu zakażenia oraz rozwoju szczepów bakterii opornych na mupirocynę. Nie należy samodzielnie przedłużać leczenia powyżej zalecanego czasu bez konsultacji z lekarzem.