Flucinar należy stosować możliwie jak najkrócej – zazwyczaj nie dłużej niż 7–14 dni. Na skórę twarzy można go aplikować maksymalnie przez 7 dni, ponieważ skóra w tej okolicy jest bardziej podatna na działania niepożądane. Stosowanie leku przez dłuższy czas może prowadzić do działań ubocznych, takich jak zanik skóry, teleangiektazje (poszerzenie naczyń), odbarwienia lub wtórne zakażenia. Po zakończeniu kuracji nie należy nagle odstawiać leku, lecz stopniowo zmniejszać jego stosowanie, zwłaszcza przy długotrwałej terapii.