Dawkowanie Virganu powinno być zawsze zgodne z zaleceniami lekarza, ale najczęściej stosuje się 1 kroplę żelu 5 razy dziennie, najlepiej co około 3 godziny w ciągu dnia. Żel należy aplikować bezpośrednio do worka spojówkowego chorego oka, czyli do przestrzeni pomiędzy dolną powieką a gałką oczną.
Po ustąpieniu objawów choroby, kurację zaleca się kontynuować przez kolejne co najmniej 3 dni, aby zmniejszyć ryzyko nawrotu. W przypadku pominięcia dawki – należy ją zastosować jak najszybciej, ale jeśli zbliża się pora kolejnej dawki, nie należy stosować podwójnej ilości.
Aplikując żel, należy unikać kontaktu końcówki tubki z okiem lub skórą, by zapobiec skażeniu leku bakteriami. Po podaniu leku warto zamknąć oko na kilka sekund i nie mrugać, by żel dobrze się rozprowadził.